Le jeu commence par un plongeur mystérieux au milieu de l'océan. Une fois la recherche et la natation autour pendant un petit moment, le plongeur parvient à récupérer et restaurer deux drones qui aident à naviguer à travers l'océan.

Tout au long de ABZU un grand requin blanc nage autour terrorisant les drones du plongeur et perturbant les aventures du plongeur en haute mer. En cours de route, le Diver active des portails qui libèrent les poissons, les renvoyant dans le vaste océan tout en découvrant un coven secret qui restaure la vie marine chaque fois qu'il est activé.

Chaque interaction avec le coven conduit également le plongeur plus proche et plus proche d'un sombre secret enfoui au fond de la mer.

Une fois que le grand requin blanc a détruit les guides de drones du plongeur, le plongeur est obligé d'utiliser une communication grossière par signal avec le poisson pour nager à ses côtés ou voyager dans son sac.

En voyageant à travers quelques-unes des zones les plus sombres de l'océan, le plongeur est dans une zone remplie de mines triangulaires, électriques. Trop près envoie un choc par celui qui les touche. Plus loin dans le jeu Diver vient alors à travers le grand requin blanc, enfoui sous une des machines qui a une conception similaire aux mines de triangle électriques.

Après avoir libéré le requin des débris, à la fois le plongeur et l'équipe de requin à explorer plus où les mines électriques viennent. Ils finissent par nager dans les tunnels d'entretien et les couloirs de haute technologie qui mène finalement à une pièce géante remplie de mines électriques, et au centre est un cerveau de mère triangulaire. Le grand requin blanc tente d'attaquer le cerveau, mais le cerveau de la mère frappe arrière, électrocuter aussi bien les plongeurs et le requin.

L'électrocution est si grave qu'elle détruit l'enveloppe du plongeur et révèle que le plongeur est en réalité un androïde. Le plongeur découvre également que le grand requin blanc est décédé des suites de l'électrocution.

En s'aventurant plus loin dans l'océan, on découvre des portails supplémentaires qui libèrent plus de poissons et le Diver finit par tomber sur une marina secrète géante qui mène à un portail de restauration qui non seulement nourrit plus de vie dans l'océan après son activation, mais qui restaure également le corps du plongeur et ramène une version spirituelle du grand requin blanc.

Surfant sur le grand requin blanc, le plongeur et le requin continuent de restaurer l'océan tout en détruisant les stations mécaniques ancrées qui ont été construits par le cerveau de la mère triangle. Finalement, le requin et le plongeur trouver le vaisseau spatial massif, engloutie qui abrite le cerveau de la mère triangle et ils y entrent, exploser toutes les mines de sécurité et de dynamitage à travers le cerveau de la mère, la détruire.

La vie végétale commence à se développer autour du vaisseau détruit, ce qui indique que la vie continuera de prospérer tandis que le plongeur trouve une nouvelle maison dans l'océan.

Le plongeur était à l'origine l'un des éclaireurs sous-marins du vaisseau spatial triangulaire, mais pendant le crash, le plongeur semblait être séparé du reste du vaisseau. Les chasseurs de drones essayaient de ramener le plongeur au navire-mère, mais le grand requin blanc les détruisit, car le navire-mère épuisait la vie marine et tentait de capturer certains poissons avec les portails.

Étant donné que le plongeur a perdu sa mémoire et a dû faire un voyage pour redécouvrir ses origines, ses priorités changent après avoir découvert la beauté de l'océan, et au lieu de travailler avec les droïdes de l'espace Illuminati, le plongeur commence à aider à libérer le poisson, restaurer la la vie marine et finalement équipe avec le requin pour détruire le cerveau de la mère.