La division a quelques factions principales différentes dans le jeu qui ont contribué à la déstabilisation de la ville de New York. Les trois principales factions méchantes sont les Rikers, qui sont des prisonniers évadés de Rikers Island, les Cleaners, qui sont des tueurs qui errent partout pour tenter de « nettoyer » New York, et le LMB, un groupe de mercenaires devenus voyous.

Les Rikers sont l'une des principales factions de méchants que vous affrontez vers la fin du jeu et GhostRobo fait la mission finale des Rikers, montrant ce qui se passe avec la patronne principale du groupe, Larae Barrett. Il s'agit d'une vidéo de 24 minutes que vous pouvez consulter ci-dessous.

Les spoilers évidents sont évidents.

Les joueurs doivent affronter The Rikers, un groupe de criminels de la prison de Rikers Island.
Le capitaine Benitez souhaite que les joueurs sauvent certains de ses hommes avant de terminer la mission. Il y a trois otages capturés par les Rikers dispersés dans tout le Lexington Event Center.

Les joueurs se rendront au Lexington Event Center pour éliminer les Rikers et sauver les otages survivants. Les joueurs trouveront des enregistrements d'écho tout au long du chemin pour voir ce qui s'est passé dans le bâtiment et comment les Rikers ont torturé et tué de nombreux flics et d'autres personnes alors qu'ils se trouvaient dans le bâtiment, tous dirigés par la leader des Rikers, Larae Barrett.

Après avoir traversé le Lexinton Event Center pour accéder au hall principal, le groupe de joueurs élimine finalement les Rikers et leur chef, Laerae Barrett, après avoir libéré les otages. Une fois la mission terminée, les joueurs peuvent quitter le Lexington Event Center en sachant que les Rikers ont été vaincus.

L'autre fin principale implique le docteur Jessica Kandel expliquant au personnage-joueur qu'un vaccin est en préparation contre le virus qui a ravagé New York et qu'ils ne peuvent plus survivre à une autre attaque virale comme celle-là. Elle s’attend à ce que le joueur fasse face aux forces qui pourraient risquer de propager le virus… encore une fois. Vous pouvez regarder la vidéo d'une heure de MKIceAndFire, qui couvre les principales missions de fin et les cinématiques de fin.

Les joueurs devront parler au commandant de la FOI et reprendre le centre de l'ONU aux mercenaires du LMB. Cela nécessite de traverser une zone de tunnel souterrain et de faire exploser le garage du centre de rassemblement de l'ONU.

L'objectif principal est d'attaquer les Nations Unies et de neutraliser le LMB, également connu sous le nom de The Last Manhattan Battalion, un groupe militaire privé dirigé par Charles Bliss.

Cependant, le LMB finit par être trahi par Aaron Keener, un agent de la division AWOL, qui pense que le LMB « est fini » et décide d'emmener l'immunologiste russe et de s'enfuir. Bliss ordonne à ses hommes d'éliminer Keener et sort de sa cachette pour retrouver ses hommes dans la salle de l'Assemblée générale de l'ONU, dans le bâtiment.

Les joueurs découvrent que Bliss est sorti de sa cachette et décident de l'abattre pendant qu'ils débusquent les forces du LMB. Malheureusement, Bliss parvient à s'échapper en hélicoptère et à s'éloigner du toit de l'immeuble.

Les personnages-joueurs finissent par se rendre à l'assemblée générale et accèdent à un ordinateur portable où il s'avère que le LMB surveille « tout le monde ». Après avoir accédé aux données, Bliss retourne au bâtiment des Nations Unies dans son hélicoptère et fait le tour de la cour pour éliminer les forces de la FOI.

Les joueurs s'engagent dans une dernière bataille contre Bliss dans un combat épique juste à l'extérieur de l'ONU, construisant alors qu'il est un hélicoptère Blackhawk tirant des missiles et tirant sur les joueurs de l'autre côté de la cour. Les joueurs peuvent utiliser les tourelles autour de la cour avec leurs armes standard pour abattre l'hélicoptère de Bliss.

Après avoir retiré l'hélicoptère, il s'écrase sur un bâtiment voisin, explosant en morceaux et tuant le commandant Charles Bliss dans le processus.

Le capitaine Benitez félicite le groupe de joueurs pour avoir vaincu le leader du LMB et note que les principales menaces qui pèsent sur New York ont ​​été vaincues. Cela conduit ensuite les joueurs à avoir la possibilité de participer au contenu de fin de jeu, comme la Dark Zone.

Aaron Kenner parvient cependant à s'échapper avec le médecin russe, et la JTF le recherche toujours, ainsi que le bioterroriste Gordon Amherst, qui a également réussi à s'échapper.

Même si cela semble être la fin, il s'avère qu'un signal inconnu est diffusé près de la Dark Zone. Lorsque les joueurs vont enquêter sur le signal inconnu, il est révélé que la personne qui émet le signal n'est autre qu'Aaron Kenner, La division Agent déserteur. Keener n'est pas là en personne, cependant, il a laissé un appareil d'écho qui explique ses intentions. Il explique qu'être dans la Division, c'était comme rester en laisse et que lorsque le virus du Black Friday a balayé la région, seuls les condamnés, les tueurs et les PMC pourraient survivre et qu'il était l'un des survivants.

Keener a l'immunologiste avec un échantillon d'ADN et un « livre de recettes » basé sur les recherches biochimiques d'Amhert et prévoit d'écrire ses propres règles. L'écho se termine avec Keener disant que le personnage du joueur devrait « se lancer dans cette affaire » avant de quitter l'appartement en diffusant le signal.

Après avoir quitté l'appartement, il y a une autre courte note vidéo contenant les notes personnelles d'Amherst sur le virus qui a été détecté sur l'ordinateur portable de l'appartement. Il explique dans la vidéo comment fonctionnent les virus et comment les virus peuvent être utilisés pour contrôler la population. Amherst croit que le virus décidera qui vivra, qui mourra et qui mérite de survivre. Il termine la vidéo en disant qu'il verra les joueurs en enfer.