Telltale Games a bouclé la deuxième saison de Batman: l'ennemi à l'intérieur. Quelle que soit la fin de la saison, c'est une fin explosive, viscérale et sanglante pour Batman et le Joker. Un bref récapitulatif des événements pour ceux qui n'ont pas suivi le match tout au long de la saison peuvent trouver un bref récapitulatif des fins expliquées pour Batman: l'ennemi à l'intérieur ici.

La saison commence avec The Riddler terrorisant certains individus au sein de la clandestinité criminelle de Gotham. Batman s'implique et parvient à maîtriser le Riddler après que Riddler ait tué Lucius Fox. Le Riddler est tué juste après que Batman l'ait empêché de lancer des roquettes ciblées sur Gotham. Bien qu'il y ait un mystère autour de qui a tué le Riddler, il est révélé plus tard que la fille de Lucius, Tiffany, a utilisé l'un de ses drones doté d'une fléchette empoisonnée pour tuer le Riddler afin de se venger de lui pour avoir tué son père.

En passant, selon la façon dont Bruce traite Tiffany, elle détermine si elle finit par rejoindre Amanda Waller en tant qu'agent ou si elle rejoint Batman en tant qu'acolyte.

Tout au long de la saison, Batman doit jongler entre être le Chevalier Noir et Bruce Wayne, ce dernier étant forcé par Amanda Waller de l'Agence de s'infiltrer en tant que criminel dans un groupe connu sous le nom de The Pact, composé de Harley Quinn, M. Geler et Bane. Waller utilise l'identité de Batman/Bruce Wayne pour l'amener à travailler quelque peu pour elle.

Le Pacte intensifie sa terreur sur Gotham après la mort du Riddler, car il s'avère qu'Harley Quinn cherche à mettre la main sur un sérum pour un virus qui peut être utilisé pour éviter de succomber à une maladie mentale comme son père. Seul le Riddler avait accès au sérum, mais avec sa mort, Harley n'a pas de chance.

Bruce reste infiltré auprès du Pacte afin de perturber leurs plans de l'intérieur. Il travaille avec un autre membre du Pacte, John Doe, qu'il a rencontré à l'asile d'Arkham lors de la première saison.

John est mentalement instable mais prend goût à Bruce après que les deux se soient entraidés lors d'une émeute alors qu'ils étaient à l'asile d'Arkham. Selon que Batman/Bruce est gentil et que la confiance envers John détermine comment il se développe.

Alors que Bruce et John font partie du Pacte, qui comprend Harley, Bane et M. Freeze, John tombe amoureux d'Harley et fait tout ce qu'il faut pour lui plaire. Il a du mal à aider Bruce tout en accomplissant les tâches qui lui sont confiées par Harley.

Finalement, les choses commencent à s'effondrer et le Pacte implose alors qu'Amanda Waller les réprime en utilisant l'Agence. Les choses culminent entre Harley et l'Agence lorsqu'ils ont une impasse sur le pont où Harley menace d'utiliser un virus mortel sur tout le monde sur le pont.

Un moment charnière a lieu alors que John et Bruce veulent rejoindre Harley, mais une poignée d'agents de Waller finissent par mourir et John demande à Bruce s'il est convaincu qu'il n'a pas tué les agents de sang-froid. Si Bruce fait confiance à John, les deux font équipe pour arrêter Harley sur le pont, mais Waller trahit John et John finit par sauter du pont pour éviter d'être tué. Si Bruce choisit de ne pas faire confiance à John, alors John va au plus profond et accuse Bruce/Batman de trahir sa confiance et de l'utiliser uniquement comme moyen d'arrêter le Pacte. John ira au pont, mais au lieu d'arrêter Harley, le duo travaille ensemble pour faire sauter le pont et s'embrasse dans un baiser avant de sauter du pont.

La finale se déroule de deux manières radicalement différentes selon la façon dont la relation entre Bruce et John s'est développée au cours de la saison. Si Bruce et John font équipe en tant que justiciers, John change son nom en The Joker. Waller finit par mettre une cible sur eux deux, craignant que John ne soit toujours une menace, ce qui conduit Batman et Joker à travailler ensemble pour éliminer la Suicide Squad de fortune de Waller, composée de Bane, Harley et Catwoman.

Batman est grièvement blessé lors de la rencontre lorsque Joker va dans le grand bain en utilisant des explosifs pour tenter de tuer Waller, provoquant l'effondrement du toit alors que Batman tente d'empêcher les bombes d'exploser.

Catwoman finit par aider Batman, qui est sur le point de mourir après avoir été empalé lors de la chute. Joker capture Waller pendant le chaos sur les toits et tente de la forcer à avouer la mort du Riddler, à son insu que Tiffany a effectivement tué le Riddler. Un Batman grièvement blessé affronte le Joker dans l'usine Ace Chemicals, où Batman parvient à sauver Waller et Tiffany lors d'un affrontement avec le Joker. Plusieurs agents tentent de maîtriser le Joker mais il les massacre à coup de couteaux. Pendant le combat, Joker utilise de nombreuses tactiques et techniques qu'il a apprises de Batman pendant leur entraînement ensemble, ce qui fait que Batman subit encore plus de dégâts alors que les deux ont une confrontation finale et sanglante impliquant des couteaux et des batarangs.

Sur la route du méchant, Joker et Harley font équipe pour terroriser Gotham. Harley veut toujours un sérum et décide d'utiliser le virus comme moyen de rançonner la sécurité de Gotham en échange du sérum. Elle veut également la mort de Batman. Joker sait qu'il n'y a pas de sérum et que Bruce Wayne est en fait Batman, mais il choisit de lui cacher cette information afin de rester proche d'elle. Les deux tuent – ​​Harley avec l'intention d'obtenir le sérum, et Joker le fait pour se venger de Bruce pour avoir trahi leur amitié.

Joker met en place un plan élaboré afin de torturer Bruce pour sa trahison, capturant Jim Gordon et le forçant à attirer Batman dans un piège. En échange, Joker donne à Gordon une carte de Gotham où se trouvent toutes les bombes contenant le virus. Cependant, Joker tire sur les genoux de Gordon pour qu'il ne puisse pas arrêter les bombes trop rapidement. Joker dépouille Bruce de son armure de Batman, puis fait traverser à Bruce une maison amusante où Selina, Tiffany et Alfred ont été capturés. Joker les oblige à jouer à un jeu sur le thème de la confiance afin qu'il puisse punir Bruce pour l'avoir trahi.

Bruce et Selina parviennent à se battre contre Harley et Joker. Bruce et Joker se battent dans toute la maison d'amusement et Joker parvient à poignarder Bruce plusieurs fois avant d'être assommé. Bruce tente de faire revivre Joker après avoir pensé qu'il avait tué Joker, seulement pour que Joker se réveille et poignarde Bruce sur le côté. Les deux gisaient sur le sol, où Bruce dit à Joker qu'il lui a brisé le cœur en transformant leur amitié en quelque chose de laid, mais Joker révèle que puisqu'ils ne pouvaient pas être amis, ils seraient de beaux ennemis.

Dans la fin du méchant, Joker est vu à l'asile d'Arkham en train de jouer avec une poupée qu'il a faite de Bruce, mettant du rouge à lèvres dessus et se parlant tout seul. Dans la fin de Vigilante, Joker est vu à l'asile d'Arkham, mais il reçoit la visite inattendue de Bruce Wayne, ce qui lui fait sourire.

Dans les deux fins, Alfred décide qu'il en a assez du Batman et décide de partir. Bruce a la possibilité soit d'abandonner Alfred pour qu'il puisse continuer à lutter contre le crime en tant que Batman, soit de renoncer à être Batman pour qu'Alfred reste.